Museets permanente utstillinger omhandler mølleindustri, vannkraft, glassemballasje og papirindustri. Skiftende utstillinger og samtidsdokumentasjon tar opp temaer knyttet til byens bedrifter, foreningsliv og kulturelle aktiviteter. Temaene i basisutstillingene vil være førende for utviklingen av formidlingstilbudene ved museet.
Moss by- og industrimuseum holder til i restaurerte lokaler i Kloster og Galla møller mellom Fossen og Lille-elv. Kloster mølle er fra 1899/1900, mens Galla mølle er fra ca. 1920. Møllebygningene i teglstein er et uttrykk for den internasjonale industriarkitekturen som preget norsk industribygging på begynnelsen av forrige århundre. Mossefossen og området rundt ble valgt til kommunens Tusenårssted og omfatter ”Konventionsgården, Fossen og Møllene”.